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python-biopython  1.60
Classes | Variables
test_Seq_objs Namespace Reference

Classes

class  StringMethodTests

Variables

 maketrans = str.maketrans
tuple special_table
tuple Chilodonella_uncinata_table
tuple runner = unittest.TextTestRunner(verbosity = 2)

Variable Documentation

Initial value:
00001 CodonTable(forward_table={
00002     'TTT': 'F', 'TTC': 'F', 'TTA': 'L', 'TTG': 'L',
00003     'TCT': 'S', 'TCC': 'S', 'TCA': 'S', 'TCG': 'S',
00004     'TAT': 'Y', 'TAC': 'Y',             'TAG': 'Q', 
00005     'TGT': 'C', 'TGC': 'C', 'TGA': 'W', 'TGG': 'W',
00006     'CTT': 'L', 'CTC': 'L', 'CTA': 'L', 'CTG': 'L',
00007     'CCT': 'P', 'CCC': 'P', 'CCA': 'P', 'CCG': 'P',
00008     'CAT': 'H', 'CAC': 'H', 'CAA': 'Q', 'CAG': 'Q',
00009     'CGT': 'R', 'CGC': 'R', 'CGA': 'R', 'CGG': 'R',
00010     'ATT': 'I', 'ATC': 'I', 'ATA': 'I', 'ATG': 'M',
00011     'ACT': 'T', 'ACC': 'T', 'ACA': 'T', 'ACG': 'T',
00012     'AAT': 'N', 'AAC': 'N', 'AAA': 'K', 'AAG': 'K',
00013     'AGT': 'S', 'AGC': 'S', 'AGA': 'R', 'AGG': 'R',
00014     'GTT': 'V', 'GTC': 'V', 'GTA': 'V', 'GTG': 'V',
00015     'GCT': 'A', 'GCC': 'A', 'GCA': 'A', 'GCG': 'A',
00016     'GAT': 'D', 'GAC': 'D', 'GAA': 'E', 'GAG': 'E',
00017     'GGT': 'G', 'GGC': 'G', 'GGA': 'G', 'GGG': 'G'},
00018     start_codons = [ 'ATG'],
00019     stop_codons = ['TAA' ])

Definition at line 44 of file test_Seq_objs.py.

test_Seq_objs.maketrans = str.maketrans

Definition at line 10 of file test_Seq_objs.py.

tuple test_Seq_objs.runner = unittest.TextTestRunner(verbosity = 2)

Definition at line 531 of file test_Seq_objs.py.

Initial value:
00001 CodonTable(forward_table={
00002     'TTT': 'F', 'TTC': 'F', 'TTA': 'L', 'TTG': 'L',
00003     'TCT': 'S', 'TCC': 'S', 'TCA': 'S', 'TCG': 'S',
00004     'TAT': 'Y', 'TAC': 'Y', 'TAA': 'O',
00005     'TGT': 'C', 'TGC': 'C', 'TGA': 'O', 'TGG': 'W',
00006     'CTT': 'L', 'CTC': 'L', 'CTA': 'L', 'CTG': 'L',
00007     'CCT': 'P', 'CCC': 'P', 'CCA': 'P', 'CCG': 'P',
00008     'CAT': 'H', 'CAC': 'H', 'CAA': 'Q', 'CAG': 'Q',
00009     'CGT': 'R', 'CGC': 'R', 'CGA': 'R', 'CGG': 'R',
00010     'ATT': 'I', 'ATC': 'I', 'ATA': 'I', 'ATG': 'M',
00011     'ACT': 'T', 'ACC': 'T', 'ACA': 'T', 'ACG': 'T',
00012     'AAT': 'N', 'AAC': 'N', 'AAA': 'K', 'AAG': 'K',
00013     'AGT': 'S', 'AGC': 'S', 'AGA': 'R', 'AGG': 'R',
00014     'GTT': 'V', 'GTC': 'V', 'GTA': 'V', 'GTG': 'V',
00015     'GCT': 'A', 'GCC': 'A', 'GCA': 'A', 'GCG': 'A',
00016     'GAT': 'D', 'GAC': 'D', 'GAA': 'E', 'GAG': 'E',
00017     'GGT': 'G', 'GGC': 'G', 'GGA': 'G', 'GGG': 'G'},
00018     start_codons=['TAA', 'TAG', 'TGA'],
00019     stop_codons=['TAG'])

Definition at line 24 of file test_Seq_objs.py.