Back to index

python-biopython  1.60
Classes | Variables
Bio.SeqUtils.CodonUsage Namespace Reference

Classes

class  CodonAdaptationIndex

Variables

dictionary CodonsDict
dictionary SynonymousCodons

Variable Documentation

Initial value:
00001 {'TTT':0, 'TTC':0, 'TTA':0, 'TTG':0, 'CTT':0, 
00002 'CTC':0, 'CTA':0, 'CTG':0, 'ATT':0, 'ATC':0, 
00003 'ATA':0, 'ATG':0, 'GTT':0, 'GTC':0, 'GTA':0, 
00004 'GTG':0, 'TAT':0, 'TAC':0, 'TAA':0, 'TAG':0, 
00005 'CAT':0, 'CAC':0, 'CAA':0, 'CAG':0, 'AAT':0, 
00006 'AAC':0, 'AAA':0, 'AAG':0, 'GAT':0, 'GAC':0, 
00007 'GAA':0, 'GAG':0, 'TCT':0, 'TCC':0, 'TCA':0, 
00008 'TCG':0, 'CCT':0, 'CCC':0, 'CCA':0, 'CCG':0, 
00009 'ACT':0, 'ACC':0, 'ACA':0, 'ACG':0, 'GCT':0, 
00010 'GCC':0, 'GCA':0, 'GCG':0, 'TGT':0, 'TGC':0, 
00011 'TGA':0, 'TGG':0, 'CGT':0, 'CGC':0, 'CGA':0, 
00012 'CGG':0, 'AGT':0, 'AGC':0, 'AGA':0, 'AGG':0, 
00013 'GGT':0, 'GGC':0, 'GGA':0, 'GGG':0}

Definition at line 6 of file CodonUsage.py.

Initial value:
00001 {
00002     'CYS': ['TGT', 'TGC'], 
00003     'ASP': ['GAT', 'GAC'],
00004     'SER': ['TCT', 'TCG', 'TCA', 'TCC', 'AGC', 'AGT'],
00005     'GLN': ['CAA', 'CAG'], 
00006     'MET': ['ATG'], 
00007     'ASN': ['AAC', 'AAT'],
00008     'PRO': ['CCT', 'CCG', 'CCA', 'CCC'], 
00009     'LYS': ['AAG', 'AAA'],
00010     'STOP': ['TAG', 'TGA', 'TAA'], 
00011     'THR': ['ACC', 'ACA', 'ACG', 'ACT'],
00012     'PHE': ['TTT', 'TTC'], 
00013     'ALA': ['GCA', 'GCC', 'GCG', 'GCT'],
00014     'GLY': ['GGT', 'GGG', 'GGA', 'GGC'], 
00015     'ILE': ['ATC', 'ATA', 'ATT'],
00016     'LEU': ['TTA', 'TTG', 'CTC', 'CTT', 'CTG', 'CTA'], 
00017     'HIS': ['CAT', 'CAC'],
00018     'ARG': ['CGA', 'CGC', 'CGG', 'CGT', 'AGG', 'AGA'], 
00019     'TRP': ['TGG'],
00020     'VAL': ['GTA', 'GTC', 'GTG', 'GTT'], 
00021     'GLU': ['GAG', 'GAA'], 
00022     'TYR': ['TAT', 'TAC']
00023 }

Definition at line 22 of file CodonUsage.py.