Back to index

python-biopython  1.60
Classes | Namespaces | Functions | Variables
Nexus.py File Reference

Go to the source code of this file.

Classes

class  Bio.Nexus.Nexus.NexusError
class  Bio.Nexus.Nexus.CharBuffer
class  Bio.Nexus.Nexus.StepMatrix
class  Bio.Nexus.Nexus.Commandline
class  Bio.Nexus.Nexus.Block
class  Bio.Nexus.Nexus.Nexus

Namespaces

namespace  Bio.Nexus.Nexus

Functions

def Bio.Nexus.Nexus.safename
def Bio.Nexus.Nexus.quotestrip
def Bio.Nexus.Nexus.get_start_end
def Bio.Nexus.Nexus._sort_keys_by_values
def Bio.Nexus.Nexus._make_unique
def Bio.Nexus.Nexus._unique_label
def Bio.Nexus.Nexus._seqmatrix2strmatrix
def Bio.Nexus.Nexus._compact4nexus
def Bio.Nexus.Nexus.combine
def Bio.Nexus.Nexus._kill_comments_and_break_lines
def Bio.Nexus.Nexus._adjust_lines
def Bio.Nexus.Nexus._replace_parenthesized_ambigs
def Bio.Nexus.Nexus._get_command_lines

Variables

int Bio.Nexus.Nexus.INTERLEAVE = 70
list Bio.Nexus.Nexus.SPECIAL_COMMANDS
list Bio.Nexus.Nexus.KNOWN_NEXUS_BLOCKS = ['trees','data', 'characters', 'taxa', 'sets','codons']
string Bio.Nexus.Nexus.PUNCTUATION = '()[]{}/\,;:=*\'"`+-<>'
string Bio.Nexus.Nexus.MRBAYESSAFE = 'abcdefghijklmnopqrstuvwxyzABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ1234567890_'
string Bio.Nexus.Nexus.WHITESPACE = ' \t\n'
list Bio.Nexus.Nexus.SPECIALCOMMENTS = ['&']
string Bio.Nexus.Nexus.CHARSET = 'chars'
string Bio.Nexus.Nexus.TAXSET = 'taxa'
string Bio.Nexus.Nexus.CODONPOSITIONS = 'codonpositions'
string Bio.Nexus.Nexus.DEFAULTNEXUS = '#NEXUS\nbegin data; dimensions ntax=0 nchar=0; format datatype=dna; end; '

Class Documentation

class Bio::Nexus::Nexus::NexusError

Definition at line 37 of file Nexus.py.